A Igreja de São Miguel está localizada no interior das muralhas do Castelo de  Penela. Quando D. Afonso Henriques atribuiu Carta de Foral a Penela em 1137  já era referida uma igreja no interior da fortaleza, mas deste edifício já nada é  visível devido às sucessivas e profundas reformas. Uma dessas grandes  reformas foi efetuada por ordem do Infante D. Pedro, Duque de Coimbra, que  mandou reedificar o templo, a par de grandes intervenções no castelo. Na  segunda metade do século XVI foram efetuadas novas e importantes  intervenções na Igreja, conferindo ao seu interior o aspeto geral que ainda hoje  apresenta.

Nos últimos anos a Fabrica Paroquial da Freguesia de S. Miguel tem contribuído  para a manutenção deste edifício religioso, tendo a reforma mais recente  ocorrido no ano de 2021, reparação da cobertura (substituição da estrutura e da  cobertura e telhado).